Salut !
J'ai terminé la mienne cet été, j'avais tout prototypé sous RPi2 avec la distro Lakka que je préfère à Recalbox. Je suis finalement parti sur le RPi3 au final, avec un bon boitier très aéré un bon kit radiateurs / ventilo associé. J'en suis très content les perfs sont excellentes jusqu'à la PS1. La N64 on oublie, c'est lent.
A signaler, le RPi2 arrivait à afficher sur mon écranvia un câble HDMI vers DVI, mais en passant au RPi3, j'ai dû utiliser un convertisseur HDMI -> VGA.
Pas d'autre souci à signaler. En toute honnêteté je ne pense pas que tu verras de grande différence entre les deux. Le principal intérêt du Pi3 est le wifi intégré.