j'ai eu le même défaut, cela vient bien de l'émulateur qui a du mal à reconnaitre les touches analogiques. La seule solution que j'ai trouvé est la suivante :
- installer et lancer l'application Tincore Keymapper,
- lancer un jeu sur N64oid avec les touches virtuelles de l'émulateur,
- mapper Tincore Keymapper par dessus les touches virtuelles puis enregistrer sous Tincore,
- passer les touches virtuelles de N64oid en Hide (caché mais toujours actif).
Cette solution est un peu lourde car il faut que l'émulateur et Keymapper soient lancés mais elle a le mérite de fonctionner.
Sinon Mupen64plus AE gère beaucoup mieux la gestion de touches physiques mais a plus de Bug graphique que N64oid (dans mon cas sur Minix x7, peut importe la conf ou les plugging), c'est pour ça que je suis resté sur N64oid avec ce mappage particulier.